微生物菌肥通過(guò)氧氣和二氧化碳的交換以及代謝過(guò)程中分泌的有機(jī)酸等酸性物質(zhì)，可以促進(jìn)顆粒結(jié)構(gòu)的形成，改善土壤的通風(fēng)條件，促進(jìn)有機(jī)質(zhì)、腐殖酸和腐殖質(zhì)的產(chǎn)生；微生物在土壤中物質(zhì)和能量的輸入和輸出中起著非常重要的作用。它們可以激活土壤中的有機(jī)和無(wú)機(jī)養(yǎng)分，分解有機(jī)物，釋放養(yǎng)分，增加養(yǎng)分的有效性；眾所周知，中國(guó)的農(nóng)業(yè)復(fù)種指數(shù)很高，兩年三次，一年兩次，有些地區(qū)甚至一年三次。這么高的復(fù)種指數(shù)，土地早已不堪重負(fù)！許多人發(fā)現(xiàn)，即使使用更多的化肥和殺蟲(chóng)劑，土地作物的產(chǎn)量也沒(méi)有顯著增加。

復(fù)合微生物肥料，生物有機(jī)肥中含有的各種功能微生物進(jìn)入土壤，在生長(zhǎng)繁殖過(guò)程中產(chǎn)生大量的次生代謝物，可促進(jìn)土壤顆粒結(jié)構(gòu)的形成。顆粒結(jié)構(gòu)的形成使土壤松軟，提高了水、氣、熱的性能，更加協(xié)調(diào)，減少了土壤硬化，有利于保護(hù)水、肥料、通風(fēng)，促進(jìn)了根系的發(fā)展，為作物提供了舒適的生長(zhǎng)環(huán)境。土壤物理和化學(xué)特性的改善加強(qiáng)了土壤有益微生物的活動(dòng)，從而極大地促進(jìn)了有機(jī)物的分解和轉(zhuǎn)化，產(chǎn)生了各種營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)和刺激物質(zhì)，進(jìn)而刺激了微生物的生長(zhǎng)發(fā)育，促進(jìn)了作物的生長(zhǎng)，達(dá)到了增加產(chǎn)量和收入的目的。

此外，功能性微生物在作物根系周圍形成優(yōu)勢(shì)種群，抑制或?qū)褂泻Σ≡w的生長(zhǎng)繁殖，降低作物病害程度，從而增加產(chǎn)量。

復(fù)合微生物肥料是無(wú)機(jī)營(yíng)養(yǎng)元素、有機(jī)物、微生物細(xì)菌有機(jī)結(jié)合，反映無(wú)機(jī)化肥、有機(jī)肥和微生物肥的綜合作用，是解決土壤硬化現(xiàn)象，修復(fù)和調(diào)節(jié)土壤，提高化肥利用率，減少河流污染，減少病蟲(chóng)害，提高作物抗性，提高作物水果質(zhì)量和肥料產(chǎn)量的首選。因此，微生物制劑是改善土地效果的良藥。